Это стандартная ситуация. Налоговые органы при внесении записи в ЕГРЮЛ используют исключительно заглавные буквы. Юридическую силу имеет наименование, указанное в Уставе, а регистр (заглавные/строчные) в данном случае не является ошибкой или разночтением.